Karlshamns hamn omfattas av regelverket ISPS, International Ship and Port facility Security Code. Regelverket omfattar skydd av fartyg och hamnanläggningar, och regleras i Sverige genom Lag (2004:487) om sjöfartsskydd. Tillsynsmyndighet är Transportstyrelsen. Transportstyrelsen har som tillsynsmyndighet fastställt och godkänt skyddsutredningar och skyddsplaner för Karlshamns Hamn i enlighet med ISPS-koden. Hamnområdena betraktas utifrån detta som skyddsområde. 

Alla transporter och ärenden till Karlshamns Hamn sker via angivna gater, enligt gällande tillträdesrutin. Inom hamnområdet har endast behörig personal tillträde. Med behörig personal avses personer som har erhållit ett av Karlshamns Hamn utfärdat passerkort. Notera att även Sutudden är skyddsobjekt.

Karlshamns Hamn arbetar aktivt med hamnskydd för att säkerställa tryggheten i hela hamnområdet. Genom avancerade övervakningssystem, strikta tillträdeskontroller och nära samarbete med relevanta myndigheter skyddas både fartyg, gods och personal från potentiella hot. Endast behöriga personer har tillgång till skyddade områden, och säkerheten styrs av internationella regler enligt ISPS-koden, vilket innebär att hamnen uppfyller högt ställda krav för att motverka terrorism och andra säkerhetsrisker. Hamnskyddet i Karlshamns Hamn är en kontinuerlig process som anpassas för att möta dagens säkerhetsutmaningar.